43. výsadkový prapor se člení na tři bojové Výsadkové roty, jednu rotu bojové podpory -

Výsadkové roty jsou základním kamenem každé výsadkové operace, přičemž všechny tyto roty mají stejnou strukturu. V nich se koncentruje většina bojové síly 43. výsadkového praporu. Jsou primárně určené na kinetické úkoly proti nepříteli, a to i na kontaktní boj zblízka uvnitř nepřátelské sestavy. Dle charakteru úkolu mohou působit v rámci sestavy praporu, nebo jako rotní úkolové uskupení, či zcela samostatně.
Rota zbraní slouží především k palebné podpoře nasazených výsadkových rot, a to nejtěžšími zbraněmi, kterými prapor disponuje -
Velitelská rota všestranně zabezpečuje velení a řízení praporu v boji i v míru. Zajišťuje výstavbu a střežení míst velení. Mezi specifické schopnosti patří zejména dálkové spojení, a to jak krátkovlnné s využitím odrazu rádiových vln o ionosféru, tak taktické satelitní spojení. V rámci administrativního členění je její součástí i Průzkumná skupina. Ta je však v boji přímo podřízena veliteli praporu a je úkolována zpravodajskou skupinou praporu.
Rota logistiky slouží k logistickému zabezpečení praporu v boji i v míru. Jedná se zejména o zabezpečení stravou, municí a výstrojí. Dále pak provádí opravy zbraní a techniky.
Štáb praporu se dělí na operační a podpůrnou část. Mezi jeho hlavní skupiny patří S1 (personální), S2 (zpravodajská), S3 (operační), S4 (logistická), S5 (plánovací), S6 (spojovací), S7 (výcviková).
Praporní obvaziště je třetí etapou ošetření raněných v boji či výcviku v rámci výsadkového praporu (Combat Life Saver -